據我國目前的AEO制度建構，企業信用等級不同，適用的通關待遇與監管要求也存在差異。海關的總體管理原則為“誠信守法便利、失信違法懲戒”，對AEO企業適用通關便利措施，對一般信用企業適用常規管理措施，對失信企業則適用嚴密監管措施。 

與此同時，依托國家信用體系建設機制，海關還會將AEO企業通報各相關管理部門，實施聯合激勵措施；將失信企業通報各相關管理部門，對失信企業實施協調治理和聯合懲戒。換言之，AEO企業不單單享有通關便利，在各個管理部門更是一路綠燈，能夠令其競爭優勢得到最大的發揮；而一旦被認定為失信企業，企業將面臨“一處失信，處處受限”的局面。 

據統計，我國AEO企業共計40,364家，其中高級認證企業3,306家，約占全國海關注冊企業總數的0.5%。與此同時，雖然一般認證企業與高級認證企業均屬于AEO企業，單就目前與我國前述AEO互認安排的4個國家（地區）而言，互認范圍還僅限于高級認證企業。而本著簡政放權、轉變職能的精神，海關將高級認證企業的評定時間縮短至90日，進出口企業申請高級認證企業可謂正當時。

根據《海關認證企業標準》的要求，高級認證企業總體包括內部控制、財務狀況、守法規范、貿易安全和附加標準共計5大類18條32項指標，認證基礎分數為100分，達標記為0分，部分達標以及不達標分別記為-1和-2分，企業如要通過高級認證，需逐項對自我展開評估核查，經海關審核所有項目不存在不達標情形且最后認證標準總分達95分以上。

由于AEO的適用范圍不僅僅限于海關部門，還會涉及工商、商務、稅務、外管、公安、檢驗檢疫等部門，故而在對AEO進行審核判斷時，海關的關注點也不拘于企業的進出口業務，因此AEO認證工作需要企業內部各部門間的整體配合協調。